بسته آموزشی غیرحضوری شبیه سازی دینامیک مولکولی در سایت آموزش نانو ارائه شد - مجله جگوار

به گزارش گروه فناوری خبرنگاران، بسته آموزشی غیرحضوری شبیه سازی دینامیک مولکولی با نرم افزار NAMD و VMD، از تاریخ 28 مردادماه در اختیار کاربران نهاده شد. این بسته شامل دو دوره مقدماتی و پیشرفته است که مجموعاً شامل 7.5 ساعت ویدیوی آموزشی است. فایل های نرم افزاری و مثال ها در اختیار شرکت نمایندگان دوره قرار می گیرد. همچنین امکان ثبت نام به صورت مجزا در هر دوره وجود دارد. آزمون انتها دوره، 16 الی 23 شهریورماه برگزار خواهد شد و شرکت نمایندگانی که پیروز به کسب نمره بالای 50 درصد شوند، گواهی انتها دوره را دریافت می نمایند.

این بسته آموزشی شامل دو دوره مقدماتی و پیشرفته است که مجموعاً شامل 7.5 ساعت ویدیوی آموزشی است. همچنین فایل های نرم افزاری و مثال ها در اختیار شرکت نمایندگان دوره قرار می گیرد و امکان ثبت نام به صورت مجزا در هر دوره وجود دارد، آزمون انتها دوره، 16 الی 23 شهریورماه برگزار خواهد شد و شرکت نمایندگانی که پیروز به کسب نمره بالای 50 درصد شوند، گواهی انتها دوره را دریافت می نمایند.

شبیه سازی دینامیک مولکولی در مقیاس نانو (NAMD) یک نرم افزار کامپیوتری برای شبیه سازی دینامیک مولکولی است که با استفاده از مدل برنامه نویسی موازی ++Charm نوشته شده است؛ با توجه به بازده موازی و کارایی بالای این نرم افزار، اغلب از آن برای شبیه سازی سیستم های عظیم (شامل میلیون ها اتم) و سیستم های بیومولکولی استفاده می گردد. این نرم افزار در سال 1995 توسط نلسون و همکارانش به عنوان برنامه دینامیک مولکولی موازی ارائه شد که در کنار برنامه گرافیکی VMD قادر به شبیه سازی بود.

VMD برای مدل سازی، تجسم و تجزیه و تحلیل سیستم های زیستی نظیر پروتئین ها، نوکلئیک اسید ها و لایه های لیپیدی طراحی شده است؛ از آنجایی که این نرم افزار می تواند فایل های بانک داده پروتئین استاندارد (PDB) را بخواند و ساختار دربرگیرنده آن ها را نمایش دهد، می توان از آن برای مولکول های متداول تر نیز استفاده کرد. VMD از روش های مختلفی برای نمایش و رنگ آمیزی مولکول ها استفاده می نماید و می تواند برای متحرک سازی و بررسی شبیه سازی دینامیک مولکولی نیز استفاده گردد. به صورت خاص این نرم افزار به عنوان نمای گرافیکی یک برنامه شبیه سازی دینامیک مولکولی استفاده می گردد و قادر است تحرک مولکول را تحت شرایط شبیه سازی به صورت متحرک به نمایش درآورد.